Name: Cytoscape
Price: Gratuit
Rating: 5 (1 reviews)

Aperçu de Cytoscape

Cytoscape est une plateforme logicielle open source permettant de visualiser les réseaux d’interactions moléculaires et les voies biologiques, et d’intégrer ces réseaux à des annotations, des profils d’expression génique et d’autres données d’état. Bien que Cytoscape ait été initialement conçu pour la recherche biologique, il s’agit désormais d’une plateforme générale dédiée à l’analyse et à la visualisation de réseaux complexes. La distribution de base de Cytoscape offre un ensemble de fonctionnalités de base pour l'intégration, l'analyse et la visualisation des données. Des fonctionnalités supplémentaires sont disponibles sous forme d'« Apps » (anciennement appelées « Plugins »). Ces applications permettent notamment d’effectuer des analyses de réseaux et de profils moléculaires, d’utiliser de nouvelles mises en page, de prendre en charge des formats de fichiers supplémentaires, d’utiliser des scripts et de se connecter à des bases de données. Elles peuvent être développées par n’importe qui à l’aide de l’API ouverte de Cytoscape, basée sur la technologie Java, et le développement communautaire de ces applications est encouragé. La plupart de ces applications sont disponibles gratuitement sur l’App Store de Cytoscape.

Remarque : bien que le logiciel soit classé comme gratuit, il s'agit en réalité d'un logiciel de type « donationware ». N'hésitez pas à faire un don pour soutenir son développement.

Nouveautés de la version 3.10.5

Comportement et performance de mise en page améliorés :

Ajout du support de mise en page préférée « uniquement les nœuds sélectionnés ».
Calculs de mise en page sélectionnée parallélisés pour Prefuse Force Directed et BioLayout FR lorsque cela est approprié.
Comportement déterministe préservé lorsque l'option de mise en page déterministe est activée.
- Comportement de copie/collage de tableau amélioré afin que les opérations de presse-papiers multi-cellules préservent la structure de grille de style tableur
- Action de menu contextuel de tableau « Copier sélectionné » redondante supprimée au profit de Copier normal.
- Correction des tableaux globaux n'apparaissant pas dans le panneau des tableaux non attribués lorsqu'ils sont ajoutés à CyTableManager mais non définis comme actuels.
- Correction du nettoyage de l'écouteur de fenêtre d'historique des tâches et du traitement de debounce après la fermeture de la boîte de dialogue.
- Correction du traitement de chargement de groupe/session en écoutant SessionAboutToBeLoaded au lieu de SessionLoaded.
- Ajout du comportement de notification de mise à jour de l'application pour les mises à niveau de l'App Store, avec tests.