Cytoscape für Mac
Visualisierungen molekularer Interaktionsnetzwerke.
Kostenlos
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Cytoscape Überblick
Cytoscape ist eine Open-Source-Softwareplattform zur Visualisierung molekularer Interaktionsnetzwerke und biologischer Signalwege sowie zur Integration dieser Netzwerke mit Annotationen, Genexpressionsprofilen und anderen Zustandsdaten. Obwohl Cytoscape ursprünglich für die biologische Forschung konzipiert wurde, ist es heute eine allgemeine Plattform für die Analyse und Visualisierung komplexer Netzwerke. Die Kernversion von Cytoscape bietet einen grundlegenden Funktionsumfang für die Datenintegration, -analyse und -visualisierung. Zusätzliche Funktionen sind als Apps (früher Plugins genannt) verfügbar. Apps stehen für Netzwerk- und molekulare Profiling-Analysen, neue Layouts, zusätzliche Dateiformatunterstützung, Skripting und die Anbindung an Datenbanken zur Verfügung. Sie können von jedem mithilfe der offenen Cytoscape-API auf Basis von Java-Technologie entwickelt werden, und die Entwicklung durch die App-Community wird gefördert. Die meisten Apps sind kostenlos im Cytoscape App Store erhältlich.
Hinweis: Obwohl die Software als kostenlos eingestuft ist, handelt es sich tatsächlich um Donationware. Bitte erwägen Sie eine Spende, um die Entwicklung zu unterstützen.
Was ist neu in Version 3.10.5
Verbesserte Layout-Verhalten und Leistung:
- Unterstützung für „nur ausgewählte Knoten“ im bevorzugten Layout hinzugefügt.
- Parallelisierte ausgewählte Layout-Berechnungen für Prefuse Force Directed und BioLayout FR, wo angemessen.
- Deterministisches Verhalten beibehalten, wenn die Option für deterministisches Layout aktiviert ist.
- Verbessertes Verhalten beim Kopieren/Einfügen von Tabellen, sodass Mehrzellen-Clipboard-Operationen die Struktur des Tabellenrasters beibehalten.
- Redundante Aktion „Ausgewählte kopieren“ im Tabellen-Kontextmenü zugunsten des normalen Kopierens entfernt.
- Globale Tabellen erscheinen nicht im Panel „Nicht zugewiesene Tabellen“, wenn sie zu CyTableManager hinzugefügt, aber nicht als aktuell festgelegt wurden.
- Bereinigung des Taskverlauf-Fenster-Listeners und Debounce-Verarbeitung nach dem Schließen des Dialogs behoben.
- Behandlung des Ladens von Gruppen/Sitzungen behoben, indem auf SessionAboutToBeLoaded anstelle von SessionLoaded gehört wird.
- Benachrichtigungs-Glockenverhalten für App-Updates im App Store hinzugefügt, mit Tests.
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